Prema odredbama Zakona o Federalnom tužilaštvu Federacije Bosne i Hercegovine  (Službene novine FBiH, broj: 42/02 i 19/03), u vrijeme stupanja na snagu tog Zakona, Federalno tužilaštvo Federacije Bosne i Hercegovine je definisano kao samostalno državno tijelo koje, u okviru prava i dužnosti Federacije Bosne i Hercegovine preduzima zakonom određene mjere u pogledu istražnih radnji i gonjenja potencijalnih počinilaca krivičnih djela i privrednih prestupa (nadležnost u pogledu privrednih prestupa ukinuta je stupanjem na snagu Zakona o prekršajima Federacije BiH i vrši druge poslove određene federalnim zakonom. Ovo Tužilaštvo svoju funkciju vrši u skladu sa Ustavom Bosne i Hercegovine i Ustavom Federacije, a na osnovu zakona Bosne i Hercegovine i Federacije. 

U okviru svojih nadležnosti Federalno tužilaštvo FBiH štiti ostvarivanje ljudskih prava i građanskih sloboda garantovanih Ustavom Bosne i Hercegovine i Ustavom Federacije, kao i prava i interese pravnih lica u skladu sa zakonom, te obezbjeđuje ustavnost i zakonitost. 

Federalno tužilaštvo FBiH je nadležno da postupa pred Vrhovnim sudom Federacije Bosne i Hercegovine u skladu sa Zakonom o sudovima u FBiH i to kada učestvuje u rješavanju podnesenih žalbi na presude kantonalnih sudova koje su donesene u prvostepenom krivičnom postupku i kada učestvuje u postupku rješavanja ponavljanja krivičnog postupka okončanog pravosnažnom sudskom odlukom, kao i u drugim slučajevima propisanim zakonom. Osim ovlaštenja za postupanje pred Vrhovnim sudom Federacije BIH, Federalno tužilaštvo FBiH je ovlašteno i da postupa u krivičnom postupku pred svim općinskim i kantonalnim sudovima u Federaciji BiH pod uslovima propisanim zakonom, kada može pred tim sudovima podizati i zastupati optužnicu. 

Nadležnosti Federalnog tužilaštva FBiH sadržane su i u ovlaštenjima koje ima glavni federalni tužilac, njegovi zamjenici i federalni tužioci. Naime, glavni federalni tužilac predstavlja i rukovodi radom Federalnog tužilaštva FBiH, a u slučaju njegove otsutnosti ili spriječenosti to mogu činiti njegovi zamjenici ili, po zakonom propisanim osnovama federalni tužilac koga imenuje VSTV BiH. Zamjenici glavnog federalnog tužioca i federalni tužioci obavljaju zadatke koji su im povjereni od glavnog federalnog tužioca kome i odgovaraju za izvršenje zadataka koji su im povjereni. U tom kontekstu, glavni federalni tužilac rješava o sukobu nadležnosti između kantonalnih tužilaštava, odlučuje o prenošenju mjesne nadležnosti sa jednog na drugo kantonalno tužilaštvo, kao i o privremenom upućivanju federalnih i/ili kantonalnih tužilaca na rad u drugo kantonalno tužilaštvo.

Federalno tužilaštvo FBiH nadzire rad deset kantonalnih tužilaštava u cilju garantovanja zakonitosti i efikasnosti postupka, daje obavezna uputstva kantonalnim tužilaštvima u pogledu rada, uputstva za preduzimanje određenih radnji i zauzima zajedničke stavove po pojedinim pitanjima ili predmetima na sjednicama Kolegija Federalnog tužilaštva FBiH ili Proširenog kolegija Federalnog tužilaštva FBiH u čijem radu učestvuju i svi glavni kantonalni tužioci.